Analyse de mutants du VIH-1 présentant une transcription inverse altérée

Responsable du Stage : Philippe Fossé

Tél : 01 81 87 52 12  E-mail: fosse@ens-paris-saclay.fr

ENS Paris-Saclay

Résumé du Projet de Stage 

Le projet porte sur la compréhension des mécanismes moléculaires régissant le premier transfert de brin chez le VIH-1 qui est le principal agent causal du SIDA. Ce transfert joue un rôle crucial dans la transcription inverse du génome du VIH-1. Il nécessite la formation d’un hybride ADN-ARN impliquant une partie de l’ADN « strong stop » (ADNss) et la séquence R située à l’extrémité 3’ de l’ARN viral (ARN 3’UTR). Les nombreuses études in vitro suggèrent que la formation de l’hybride ADN-ARN dépend de la structure des acides nucléiques impliqués et est facilitée par la protéine de nucléocapside du VIH-1 (NC), mais les structures, interactions et dynamiques qui gouvernent cette hybridation sont mal connues. De plus, il n’a pas été démontré que la NC est nécessaire ex vivo à la formation de l’hybride. Les objectifs principaux du projet de notre groupe sont de déterminer ex vivo : i) si les structures secondaires adoptées par l’ADNss et l’ARN 3’UTR régulent le premier transfert de brin ; ii) si la NC est l’acteur principal qui facilite l’hybridation de l’ADNss avec l’ARN 3’UTR, et si c’est le cas mieux comprendre comment la NC agit dans cette étape d’hybridation ; iii) le rôle du premier transfert de brin dans le désassemblage de la particule virale. De nombreux mutants ont été construits et sont analysés ex vivo pour tester nos hypothèses. Le stagiaire participera au projet en étudiant certains des mutants caractérisés comme étant les plus intéressants car ils ont un effet négatif sur la transcription inverse du génome du VIH-1.

Dernières Publications en lien avec le projet :

1 – Chaminade F, Darlix JL & Fossé P. (2022). RNA Structural Requirements for Nucleocapsid Protein-Mediated Extended Dimer Formation.  Viruses 14 (3):606.

2 – René, B., Mauffret, O. & Fossé, P. (2018). Retroviral nucleocapsid proteins and DNA strand transfers. Biochimie Open 7, 10-25.

3 – Belfetmi, A., Zargarian, L., Tisné, C., Sleiman, D., Morellet, N., Lescop, E., Maskri, O., René, B., Mély, Y., Fossé, P. & Mauffret, O. (2016). Insights into the mechanisms of RNA secondary structure destabilization by the HIV-1 nucleocapsid protein. RNA 22, 506-517.

4 – Chen, Y., Maskri, O., Chaminade, F., René, B., Benkaroun, J., Godet, J., Mély, Y., Mauffret, O., & Fossé P. (2016). Structural insights into the HIV-1 minus-strand strong-stop DNA. J Biol Chem. 291, 3468-3482.

5 – Boudier, C., Humbert, N, Chaminade, F., Chen, Y., de Rocquigny, H., Godet, J., Mauffret, O., Fossé, P. & Mély, Y. (2014). Dynamic interactions of the HIV-1 Tat with nucleic acids are critical for Tat activity in reverse transcription. Nucleic Acids Res. 42, 1065-1078.

 

Ce projet s’inscrit-il dans la perspective d’une thèse :

                                                oui  x

si oui type de financement prévu :concours pour obtention d’un contrat doctoralconcours pour obtention d’un contrat doctoral

 Ecole Doctorale de rattachement : SDSV

 

Intitulé de l’équipe : Structures et Interactions des Acides Nucléiques

Intitulé de l’Unité : Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (LBPA)

Nom du Responsable de l’Unité : Eric Deprez

Nom du Responsable de l’Équipe : Olivier Mauffret

Adresse : ENS Paris-Saclay – 4, avenue des Sciences – 91190 Gif-sur-Yvette