Analyse des effets de l’irradiation par les ions carbone sur les structures des protéines
Responsable du Stage : Nathalie Colloc’h et Elke de Zitter
Tél : 02.31.47.01.32 E-mail : colloch@cyceron.fr
Tél : 04.57.42.85.00 E-mail : elke.de-zitter@ibs.fr
ISTCT UMR 6030 CNRS Université de Caen-Normandie et Institut de Biologie structurale, université GrenobleAlpes CEA CNRS
Résumé du Projet de Stage
Les dégâts d’irradiation induits par les rayons X sur les protéines ont été très étudiés, mais ceux induit par un faisceau d’ions carbone ne l’ont jamais été. Ce projet a pour but de les caractériser avec une approche d’affinement de structure de protéine très innovante, qui permet d’identifier des sous-états conformationnels moins présents.
Dans le contexte du développement de l’hadronthérapie pour le traitement des cancers, il est important de connaitre les modifications induites par un faisceau d’ions carbone au niveau moléculaire. Pour cela, des cristaux de protéine ont été irradié avec un faisceau d’ions carbone à des doses variées, puis les données de diffraction ont été enregistrées pour résoudre les structures.
Le but du projet sera de déterminer et d’analyser les structures des protéines irradiées, en utilisant Xtrapole8, un programme récemment développé par Elke De Zitter et Jacques-Philippes Colletier à l’IBS à Grenoble. Ce programme est idéal pour caractériser les petites modifications induites par les ions carbones aux doses où le cristal diffracte encore. La comparaison des structures irradiées avec une structure non irradiée permettra de déterminer l’effet des ions carbone sur les protéines.
Il est également prévu durant le stage d’irradier de nouveaux cristaux avec des ions carbone, suivi d’enregistrement des données de diffraction, et d’affinement des structures avec Xtrapol8.
Le stage aura lieu dans l’unité ISTCT à Caen, avec quelques courts séjours à l’IBS à Grenoble. Les cristaux seront irradiés au GANIL à Caen, et les collectes de données aux rayons X seront effectuées à l’ESRF à Grenoble.
References et publications récentes de l’équipe
De Zitter E., Coquelle N., Oeser P., Barends T.R.M., Colletier J.P., Xtrapol8 enables automatic elucidation of low-occupacy intermediate-states in crystallographic studies. Comm. Biol. 5, 640 (2022)
Ce projet s’inscrit-il dans la perspective d’une thèse :
oui o non X peu probable, dépend des resultats obtenus
si oui type de financement prévu : ecole doctorale eventuellement
Ecole Doctorale de rattachement : ED NBise 497
Equipe d’Accueil : ISTCT
Intitulé de l’Unité : ISTCT UMR 6030 CNRS Université de Caen-Normandie
Nom du Responsable de l’Unité : Myriam Bernaudin
Nom du Responsable de l’Équipe : Myriam Bernaudin
Adresse : centre Cyceron, bd Becquerel, 14074 Caen cedex
Responsable de l’encadrement : Nathalie Colloc’h
Tél : 02.31.47.01.32 E-mail : colloch@cyceron.fr
Equipe d’Accueil : DYNAMOP / SNaX
Intitulé de l’Unité : Institut de Biologie structurale, université GrenobleAlpes CEA CNRS
Nom du Responsable de l’Unité : Winfried Weisshorn
Nom du Responsable de l’Équipe : Jacques-Philippe Colletier
Adresse : 71 avenue des martyrs, 38044 Grenoble
Responsable de l’encadrement : Elke de Zitter
Tél : 04.57.42.85.00 E-mail : elke.de-zitter@ibs.fr