Sélection d’aptamères contre des protéines pour le développement d’un nouveau procédé de biopurification.

Equipe d’Accueil : Equipe aptamères

Intitulé de l’Unité : MIRCen, CEA, Fontenay-aux-Roses

Nom du Responsable de l’Unité : Romina Aron Badin

Nom du Responsable de l’Équipe : Frédéric Ducongé

Adresse :  18 route du Panorama, 92260 Fontenay-aux-Roses

Responsable de l’encadrement : Frédéric Ducongé

 E-mail:  frederic.duconge@cea.fr, lisa.ledortz@cea.fr

 

Résumé du projet 

Basé au Molecular Imaging Research Center (MIRCen) du CEA (site Fontenay-aux-roses), notre équipe est spécialisée dans la sélection et le développement d’aptamères (1,2). Ces ligands à base d’acides nucléiques (ADN ou ARN) sont capables de se lier avec une forte affinité et spécificité à une cible. Les aptamères sont obtenus par une méthode de sélection in vitro dénommée SELEX et peuvent être générés contre des cibles de nature très diverses (petites molécules organiques, peptides, protéines, acides nucléiques, cellules…). Avec des propriétés comparables aux anticorps, l’utilisation des aptamères en recherche, en diagnostique et en thérapeutique ne cesse d’augmenter depuis plusieurs années (3).

L’objectif du stage est de sélectionner des aptamères contre des protéines. Les ligands obtenus seront utilisés dans le développement d’un nouveau procédé de biopurification pour améliorer la production de médicaments.

Le sujet nécessitera : 1- d’optimiser le protocole de sélection d’aptamères contre des protéines immobilisées sur des billes, 2- de sélectionner des aptamères contre ces protéines par la méthode SELEX, 3- d’identifier les séquences enrichies par séquençage NGS, 4- d’évaluer l’affinité de ces ligands par différentes méthodes analytiques.

Pour cela, l’étudiant(e) devra réaliser les techniques suivantes : amplification par RT-PCR, transcription in vitro, préparation de banques pour séquençage NGS, mesure d’affinité par méthode BLI (Biolayer Interferometry).

L’étudiant(e) travaillera dans un environnement scientifique innovant, assistera à des séminaires et présentera son travail lors de réunions de laboratoire. Ce stage formateur doit permettre à l’étudiant(e) d’envisager une carrière dans un environnement académique ou industriel.

Dernières Publications en lien avec le projet : 

  • https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/MIRCen/themes/Aptamers.aspx
  • Forier, E. Boschetti, M. Ouhammouch, A. Cibiel, F. Ducongé, M. Nogré, M.Tellier, D. Bataille, N. Bihoreau, P. Santambien, S. Chtourou, G. Perret, DNA aptamer affinity ligands for highly selective purification of human plasma-related proteins from multiple sources, Journal of Chromatography A, 2017, https://doi.org/10.1016/j.chroma.2017.01.031.
  • Bouvier-Müller, D. Fourmy, A. Fenyi, L. Bousset, R. Melki, F. Ducongé, Aptamer binding footprints discriminate α-synuclein fibrillar polymorphs from different synucleinopathies, Nucleic Acids Research, 2024, https://doi.org/10.1093/nar/gkae544.

Ce projet ne s’inscrit pas dans la perspective d’une thèse