Responsables
Guillaume Velasco – Olivier Kirsh
Bio-informatique épigénétique et génétique
Objectifs
Aborder les aspects fondamentaux du rôle l’épigénome et de ses bases moléculaires sur la régulation du génome ainsi que les méthodes expérimentales et analyses bio-informatiques utilisées dans ces différents aspects. L’analyse des données omiques sera spécifiquement abordée sous la forme de TD/TP mêlant savoir et savoir/faire
Cours Magistraux 18h – Travaux Dirigés 10h – Travaux Pratiques 20h
Epigénome et omics : régulation transcriptionnelle
Infrastructure bioinfo, outils et workflow
Structure et organisation 3D du génome
Marques épigénétiques et compartiments chromatiniens
Méthylation de l’ADN
Expression monoallèlique : empreinte parentale et inactivation du chromosome X
Epigénome et intégrité du génome
Répartition de l’UE sur 12 semaines. Chaque thème est abordé sur 2 semaines : une semaine est dédiée aux concepts abordés en CM et TD. L’autre semaine est consacrée aux aspects savoir-faire en TP avec ordinateur.
Evaluation
70% orale 30% écrit : La note est basée sur une évaluation orale de 15 minutes et un rapport écrit présentant les résultats d’analyses omics effectuées dans le cadre d’un mini projet.
Compétences visées
- Comprendre comment l’épigénome participe à la régulation de la structure, l’organisation et l’expression du génome.
- Savoir mettre en place un protocole expérimental approprié, mêlant des approches humides et sèches, afin de répondre à différentes questions biologiques explorant le rôle de l’épigénome dans des processus physiopathologiques
- Connaissances des questions biologiques, des approches expérimentales et analyses bioinformatique possibles en épigenomiques; Leurs forces et leur limites.
- Connaissances des outils statistiques et informatique nécessaires au traitement et au croisement de données en grande dimensions.
- Savoir lire et interpreter des figures d’articles.