Responsable
Jean-Christophe Gelly
Bioinformatique
Objectifs
Comprendre les concepts théoriques, les enjeux, et les applications de la bio-informatique nécessaires aux travaux de recherches actuels dans les domaines des sciences du vivant et de la santé.
Cours Magistraux 15h
- Introduction à la bio-informatique
- Système d’information en biologie et Bio-informatique
- Métrique pour la comparaison de séquence (matrice de substitutions)
- Alignement par paire global et local (programmation dynamique, algorithmes Needleman-Wunsch et Smith-Waterman)
- Alignement pour la recherche de séquences (BLAST, PSI-BLAST, HMM (Hmmer, HHblits)) – Significativité d’un score d’alignement (E-Value ; P-value ; loi des valeurs extrêmes)
- Alignement multiple (exact, progressif, itératif, par consistance : ClustalW, Muscle, MAFFT, Probcons, T-COFFEE)
- Inférence en phylogénie moléculaire et construction d’arbre (UPGMA, Neighbor Joining, Maximum de Parcimonie, Maximum Likelihood, Bootstrap)
- Bio-informatique Génomique (assemblage de génome, annotation structurale de génomes (ab initio et par similarité), comparaison de génomes, annotation fonctionnelle (par similarité et exploration des voisinages) – Métagénomique – Génomique fonctionnelle – Etude d’association pangénomique (GWAS)
- Bio-informatique systémique et intégrative (notions de réseau et de graphe, inférence de réseaux en biologie, ontologie)
- Bio-informatique Structurale : analyse des structures (accessibilité au solvant, assignation des structures secondaires alignement structural), classification et banques de structures, prédiction de structures)
- Bioimage informatics : Analyse d’image en biologie et en bio-informatique
- Bio-informatique Transcriptomique (analyse et traitement de données de RNA seq et Puces à ADN (analyse d’image, traitements des données, clustering)
Travaux Dirigés 6h
Etude d’exemples concrets issus de la littérature scientifique
Travaux Pratiques 2h
2 thématiques orientées au choix :
1- bio-informatique structurale
2- génomique
Compétences visées
- Compétences théoriques sur les nouvelles approches biologiques et bio-informatiques
- Autonomie et capacité à analyser, comprendre et élaborer une étude bio-informatique