M1-S2 : Physiologie et génomique bactériennes

Responsables

Isabelle Martin-Verstraete – Olivier Dussurget

Objectifs

Les enseignements couvrent tous les domaines de la Bactériologie et portent sur la physiologie, la régulation, la génétique, les apports récents de la génomique dans l’étude de la dynamique d’évolution des génomes bactériens, les relations hôtes/plantes microorganismes, la diversité des métabolismes bactériens et leur rôle dans l’environnement et dans l’industrie ainsi que l’importance des écosystèmes microbiens en liaison avec les niches colonisées.

Cours Magistraux 34h

• Les espèces bactériennes, les enveloppes cellulaires et les mécanismes de sécrétion
• Les antibiotiques ; synthèse et résistance
• La réplication, division cellulaire, cytosquelette et compartiment
• Les différents niveaux de contrôle dans des systèmes de régulation bactérien complexes (systèmes à deux composants, ARNnc, molécules de signalisation)
• Le métabolisme énergétique-les équilibres, les flux
• La génomique bactérienne et ses applications, la dynamique d’évolution des génomes, la génomique fonctionnelle
• Les biofilms et les communautés, les communications cellulaires et l’hétérogénéité d’expression au sein des populations bactériennes
• La différenciation cellulaire chez les procaryotes : la sporulation
• Les interactions bactéries/cellules animales ou bactéries/cellules végétales–symbiose versus pathogénicité
• Les cyanobactéries : un modèle de photosynthèse et de fixation de l’azote
• Les applications biotechnologiques ; santé, aliment, environnement
• Les écosystèmes (microbiotes, niches de l’environnement)

Travaux Dirigés 14h

• Rôle de la motilité bactérienne et de la communication cellulaire (« quorum sensing ») dans la formation des biofilms mono espèces ou mixtes
• Réponses aux dommages de l’ADN et liens avec la résistance aux antibiotiques
• Interactions des bactéries avec les bactériophages : système de défense de type CRISPR
• Une approche physiologique des interactions entre pathogène et microbiote

Réalisation de séminaires sur articles sur des thématiques d’actualité par les étudiants et organisation d’un minisymposium avec une conférence sur une thématique d’actualité en Microbiologie et présentation par les étudiants.